1.適用對象不同：研發(fā)費用加計扣除僅適用于財務(wù)核算健全并能準確歸集核算研發(fā)費用的居民企業(yè)，而研發(fā)費用據(jù)實扣除適用于能夠準確核算研發(fā)費用的所有企業(yè)。

2.行業(yè)限制不同：享受研發(fā)費用加計扣除的企業(yè)有負面清單行業(yè)的限制，而據(jù)實扣除則沒有負面清單行業(yè)的限制。

3.研發(fā)費用范圍不同：加計扣除的研發(fā)費用范圍限于財稅【2015】119號等文件列舉的6項費用及明細項，而據(jù)實扣除的研發(fā)費用按照稅收及財務(wù)會計制度的規(guī)定確定。