宿遷市轄沭陽、泗陽、泗洪三縣和宿豫區(qū)、宿城區(qū)，有67個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）和28個街道辦事處。

1996年7月建市之初，全市轄四縣一區(qū)，共有鄉(xiāng)鎮(zhèn)124個。

1996—2000年，先后有51個鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)。2000年5月經省政府批準，撤并15個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、6個場圃，新設4個街道辦事處，鄉(xiāng)鎮(zhèn)總數(shù)由原來的126個減少為111個。

2001年6月，結合農村稅費改革，對全市范圍內2500人以下的村（居）委會進行了合并，村（居）總數(shù)由2299個撤并為1418個，撤并率為38%。

2004年3月，經國務院批準，撤銷宿豫縣設立宿豫區(qū)，調整后，市區(qū)規(guī)劃控制面積擴大到2108平方千米，人口總數(shù)近150萬人。

2005年7月，經省政府批準，將沭陽縣十字鎮(zhèn)、七雄鎮(zhèn)、章集鎮(zhèn)并入沭城鎮(zhèn)；將泗陽縣城廂鎮(zhèn)、來安鄉(xiāng)并入眾興鎮(zhèn)，同時將臨河鎮(zhèn)大興居委會劃歸眾興鎮(zhèn)；將泗洪縣大樓鄉(xiāng)、重崗鄉(xiāng)并入青陽鎮(zhèn)，同時將五里江農場劃入青陽鎮(zhèn)。2013年7月，經省政府批準，撤銷沭陽縣沭城鎮(zhèn)，設立沭城街道辦、南湖街道辦、夢溪街道辦、十字街道辦、章集街道辦和七雄街道辦。2014年11月，經省政府批準，撤銷宿豫區(qū)順河鎮(zhèn)，設立順河街道辦、豫新街道辦和下相街道辦。

2017年12月，經省政府批準，撤銷宿城區(qū)雙莊鎮(zhèn)、三棵樹鄉(xiāng)，設立宿城區(qū)雙莊街道、支口街道、三棵樹街道、黃河街道；撤銷宿城區(qū)倉集鎮(zhèn)、鄭樓鎮(zhèn)、洋河鎮(zhèn)，設立新的洋河鎮(zhèn)。

2018年3月，經省政府批準，撤銷黃河街道，設立黃河街道、古楚街道。2018年5月，經省政府批準，撤銷泗洪縣青陽鎮(zhèn)，設立泗洪縣青陽街道、重崗街道、大樓街道。

2020年7月，經省政府批準，撤銷泗陽縣眾興鎮(zhèn)，設立眾興街道，以原眾興鎮(zhèn)的21個居委會為行政區(qū)域；設立城廂街道，以原眾興鎮(zhèn)的14個居委會為行政區(qū)域；撤銷八集鄉(xiāng)，設立來安街道，以原八集鄉(xiāng)和原眾興鎮(zhèn)的18個居委會為行政區(qū)域；撤銷三莊鄉(xiāng)，設立三莊鎮(zhèn)，以原三莊鄉(xiāng)和原眾興鎮(zhèn)的9個居委會為行政區(qū)域；撤銷愛園鎮(zhèn)、里仁鄉(xiāng)，設立新的愛園鎮(zhèn)；撤銷高渡鎮(zhèn)、盧集鎮(zhèn)，設立新的盧集鎮(zhèn)；撤銷王集鎮(zhèn)、南劉集鄉(xiāng)，設立新的王集鎮(zhèn)；撤銷穿城鎮(zhèn)、張家圩鎮(zhèn)，設立新的穿城鎮(zhèn)；將原眾興鎮(zhèn)的3個居委會劃歸臨河鎮(zhèn)管轄。撤銷泗洪縣雙溝鎮(zhèn)、四河鄉(xiāng)、峰山鄉(xiāng)，設立新的雙溝鎮(zhèn)；撤銷界集鎮(zhèn)、曹廟鄉(xiāng)、太平鎮(zhèn)，設立新的界集鎮(zhèn)；撤銷半城鎮(zhèn)、陳圩鄉(xiāng)，設立新的半城鎮(zhèn)，以原半城鎮(zhèn)、陳圩鄉(xiāng)以及陳圩林場的半城分場、馬浪湖分場為行政區(qū)域；撤銷臨淮鎮(zhèn)、城頭鄉(xiāng)，設立新的臨淮鎮(zhèn)，以原臨淮鎮(zhèn)、城頭鄉(xiāng)以及陳圩林場的臨淮分場、二河分場、汴河分場、陳卷村為行政區(qū)域。

2021年3月，經省政府批準，將宿豫區(qū)蔡集鎮(zhèn)劃歸宿城區(qū)管轄。撤銷宿城區(qū)洋北鎮(zhèn)，設立洋北街道；撤銷龍河鎮(zhèn)、羅圩鄉(xiāng)，設立新的龍河鎮(zhèn)；撤銷屠園鄉(xiāng)，設立屠園鎮(zhèn)。撤銷宿豫區(qū)陸集鎮(zhèn)，設立陸集街道；撤銷曉店鎮(zhèn)、井頭鄉(xiāng)，設立曉店街道、井頭街道；撤銷來龍鎮(zhèn)、侍嶺鎮(zhèn)、保安鄉(xiāng)，設立新的來龍鎮(zhèn)；撤銷大興鎮(zhèn)、丁嘴鎮(zhèn)，設立新的大興鎮(zhèn)；撤銷皂河鎮(zhèn)、黃墩鎮(zhèn)，設立新的皂河鎮(zhèn)。撤銷沭陽縣章集街道、東小店鄉(xiāng)，設立新的章集街道；撤銷錢集鎮(zhèn)、張圩鄉(xiāng)，設立新的錢集鎮(zhèn)；撤銷塘溝鎮(zhèn)、周集鄉(xiāng)，設立新的塘溝鎮(zhèn)；撤銷韓山鎮(zhèn)、官墩鄉(xiāng)，設立新的韓山鎮(zhèn)；撤銷桑墟鎮(zhèn)、茆圩鄉(xiāng)，設立新的桑墟鎮(zhèn)；撤銷李恒鎮(zhèn)、湯澗鎮(zhèn)，設立新的李恒鎮(zhèn)；撤銷高墟鎮(zhèn)、湖東鎮(zhèn)，設立新的高墟鎮(zhèn)；撤銷耿圩鎮(zhèn)、北丁集鄉(xiāng)，設立新的耿圩鎮(zhèn)；撤銷賢官鎮(zhèn)、萬匹鄉(xiāng)，設立新的賢官鎮(zhèn)；將青伊湖農場劃入青伊湖鎮(zhèn)行政區(qū)域。